Pierwsza chrześcijańska świątynia w Ustce, filia kościoła parafianego w Zimowiskach, według tradycji, konsekrowana 24 czerwca 1356 roku, razem ze świątynią w Zimowiskach, poświęconą św. Janowi Chrzcicielowi. Według tej tradycji, w konsekracji świątyni biskupowi kamieńskiemu (diecezja pomorska) miało towarzyszyć 12 biskupów z Polski. Wezwanie Św. Mikołaja, patrona kupców i żeglarzy, wskazuje na silne już wówczas w tej częsci Pomorza wpływy Hanzy, propagującej kult tego świetego.
Przy kościółku, usytuowanym przy dzisiejszym Skwerze Jana Pawła II grzebano zmarłych, m.in. ofiary katastrof morskich.
Wieża kościoła, mająca około 30 m wysokości, przez pół tysiąca lat była najwyższą budowlą w Ustce. Jej sylwetka została rzekomo ukazana w kilku locjach z początku XIX wieku - jako lądowy punkt orientacyjny, dobrze widoczny z morza. Na podstawie zachowanych pieczęci kościelnych niektórzy przypuszczają, że z wieży wywieszano światło nawigacyjne dla żeglarzy. Pogląd ten jest jednak bardzo mało prawdopodobny ze względu na zagrożenie pożarowe.
W 1644 roku, podczas wielkiego pożaru Ustki, kościół ocalał - jak zapisał pastor Wirker - w sposób cudowny.
Wokół placu domy budowali najbogatsi szyprowie i kapitanowie; stąd potoczna nazwa placu: „kapitański zaułek”. Kościółek przypominał architekturą bliźniaczy, do dziś stojący w Zimowiskach. W XVII działy się tu cuda: w nocy świece przy ołtarzu zapalały się same. W poł. XIX w. średniowieczny kościółek, obliczony na 200 osób, stał się za mały, by pomieścić wiernych. Dlatego zbudowano nowy przy ul. Wyszyńskiego, a ten rozebrano i na jego miejscu urządzono skwer. W 1995 r. ustawiono tu koło młyńskie, pochodzące prawdopodobnie z wiatraka, który do początków XX w. stał nieopodal promenady.